Σύμφωνα με την απόφαση αν μαθητής κωλύεται λόγω πάθησης, μόνιμης ή παροδικής, να συμμετέχει στο μάθημα της Φυσικής Αγωγής, μπορεί να απαλλαγεί από την υποχρέωση παρακολούθησης, αν ο κηδεμόνας του ή ο ίδιος, εάν είναι ενήλικος θα πρέπει να υποβάλλει σχετική αίτηση στον Διευθυντή του σχολείου, συνοδευόμενη από ιατρική βεβαίωση, η οποία θα περιλαμβάνει τους λόγους και τη διάρκεια της απαλλαγής, εντός πέντε ημερών από την έναρξη των μαθημάτων ή την εμφάνιση της πάθησης ή την επάνοδο του μαθητή στο σχολείο μετά από ασθένεια.

Η βεβαίωση δεν απαιτείται εάν η πάθηση αναφέρεται στο Ατομικό Δελτίο Υγείας Μαθητή, το οποίο κατατίθεται υποχρεωτικά στη σχολική μονάδα και επικαιροποιείται σε κάθε μεταβολή της κατάστασης της υγείας του μαθητή ή των παραγόντων κινδύνου, οι οποίοι απαιτούν απαλλαγή του.

Την αίτηση εξετάζει επιτροπή αποτελούμενη από τον Διευθυντή του σχολείου, τον αρμόδιο διδάσκοντα καθηγήτρια, και τον Υπεύθυνο καθηγητή του τμήματος στο οποίο φοιτά ο μαθητής.

Αν υπάρχουν αμφιβολίες, ο μαθητής θα πρέπει να προσκομίζει γνωμάτευση δημόσιου νοσοκομείου.

Αν από τα στοιχεία του οικείου Ατομικού Δελτίου Υγείας Μαθητή προκύπτουν σοβαροί λόγοι υγείας που αποκλείουν τη συμμετοχή του/της μαθητή στο μάθημα της Φυσικής Αγωγής ή σε άλλη σχολική αθλητική δραστηριότητα, ο Διευθυντής, στις αρχές του σχολικού έτους, συγκροτεί Τριμελή Επιτροπή.

Την ώρα που θα έχει απαλλαγή από το μάθημα της φυσικής αγωγής θα συμμετέχει σε άλλες δραστηριότητες που θα έχουν αποφασιστεί από την σχετική επιτροπή.

Ο μαθητής επίσης μπορεί να ζητήσει απαλλαγή από την παρακολούθηση του μαθήματος της Φυσικής Αγωγής μόνο μίας διδακτικής ώρας, αν υπάρχει λόγος. Ο διδάσκων μπορεί να χορηγήσει την απαλλαγή μετά από έγκριση του Διευθυντή του σχολείου.

Τα παραπάνω ισχύουν και για το μάθημα της Μουσικής .

Σχετικά με τα Θρησκευτικά μαθητές οι οποίοι δεν είναι Χριστιανοί Ορθόδοξοι (δηλαδή αλλόθρησκοι, ετερόδοξοι άθρησκοι, άθεοι, αγνωστικιστές), μπορούν να απαλλαγούν, εφόσον το επιθυμούν, από την υποχρέωση παρακολούθησης του μαθήματος των Θρησκευτικών, υποβάλλοντας σχετική αίτηση στον Διευθυντή της σχολικής μονάδας στην οποία θα αναφέρεται το εξής: «Λόγοι θρησκευτικής συνείδησης δεν επιτρέπουν τη συμμετοχή (μου ή του παιδιού μου) στο μάθημα των Θρησκευτικών».

Η αίτηση υπογράφεται από τον ίδιο τον μαθητή, εάν είναι ενήλικος, ή και από τους δύο γονείς κηδεμόνες τους, εάν είναι ανήλικος. Μόνον στην περίπτωση που η γονική μέριμνα ασκείται από τον ένα γονέα, αρκεί η υπογραφή του ασκούντος τη γονική μέριμνα.

Η αίτηση, θα πρέπει να έχει το γνήσιο της υπογραφής του/της ίδιου/ας μαθητή (αν είναι ενήλικος/η) ή και των δύο γονέων του/της (αν είναι ανήλικος), παραλαμβάνεται από τον/τη Διευθυντή του σχολείου εντός αποκλειστικής χρονικής προθεσμίας που διαρκεί από την 1η Σεπτεμβρίου έως και την πέμπτη ημέρα μετά την έναρξη των μαθημάτων κάθε σχολικού έτους. Το γνήσιο της υπογραφής μπορεί να βεβαιώνει και ο Διευθυντής του σχολείου κατά την υποβολή της αίτησης, η οποία υπογράφεται ενώπιόν του

Ο Διευθυντής θα ενημερώνει για την υποβολή της σχετικής αίτησης τον καθηγητή που διδάσκει το μάθημα των Θρησκευτικών στο τμήμα στο οποίο φοιτά ο απαλλασσόμενος μαθητής, ώστε να γνωρίζει ποιοι μαθητές θα βρίσκονται στην τάξη του κατά τη διάρκεια διεξαγωγής
του μαθήματος. Οι μαθητές που απαλλάσσονται από το μάθημα των Θρησκευτικών δεν επιτρέπεται να περιφέρονται εντός ή εκτός της σχολικής μονάδας ή να απουσιάζουν αδικαιολόγητα.

Ο Διευθυντής της σχολικής μονάδας σε συνεργασία με τον Σύλλογο των διδασκόντων θα αποφασίζουν κατά περίπτωση για τον τρόπο που απασχολούνται υποχρεωτικά οι απαλλασσόμενοι μαθητές, συντάσσοντας σχετική πράξη στο Βιβλίο Πράξεων του Συλλόγου Διδασκόντων (όπως ενδεικτικά διαφορετικό διδακτικό αντικείμενο σε άλλο τμήμα της ίδιας τάξης ή ερευνητική δημιουργική δραστηριότητα), και έχοντας την πλήρη ευθύνη.

Σε περίπτωση που η τάξη στην οποία φοιτούν οι απαλλασσόμενοι μαθητές λειτουργεί μόνο με ένα τμήμα, οι μαθητές αυτοί παρακολουθούν εκπαιδευτικό πρόγραμμα που καθορίζεται από τον Σύλλογο Διδασκόντων/ουσών.

Η απαλλαγή αρχίζει από την έναρξη των μαθημάτων, αφορά ολόκληρο το σχολικό έτος και μπορεί να ανανεωθεί για κάθε επόμενο σχολικό έτος με την ίδια διαδικασία.

Οι μαθητές που απαλλάσσονται από το μάθημα των Θρησκευτικών απαλλάσσονται και από την προσευχή και τον εκκλησιασμό, εφόσον το έχουν δηλώσει στην αίτησή τους για την απαλλαγή από το μάθημα των Θρησκευτικών. Την ώρα της προσευχής και του εκκλησιασμού παραμένουν στο σχολείο.