Μετάλλαξη Όμικρον: Εντοπίστηκε στα λύματα της Θεσσαλονίκης πριν ανιχνευθεί εργαστηριακά

Η παρουσία της άκρως μεταδοτικής παραλλαγής Όμικρον του SARS-CoV-2 στην κοινότητα της Θεσσαλονίκης επιβεβαιώθηκε από αναλύσεις της Ομάδας Επιδημιολογίας Λυμάτων του ΑΠΘ στα αστικά απόβλητα της πόλης.

Η ανίχνευση έγινε σε δείγμα της Κυριακής 19 Δεκεμβρίου 2021, μέσα από νέα πρωτοποριακή -υψηλής ευαισθησίας και ακρίβειας και σε πραγματικό χρόνο- μοριακή μέθοδο, που ανέπτυξε η Ομάδα του ΑΠΘ και τις επόμενες μέρες θα ανακοινωθούν οι ακριβείς εκτιμήσεις για την ποσοτικοποίηση και συχνότητα εμφάνισης του στελέχους Όμικρον σε σχέση με το στέλεχος Δέλτα, που ακόμα κυριαρχεί στην κοινότητα.

«Δε μας εκπλήσσει η παρουσία του στελέχους Όμικρον στη Θεσσαλονίκη, είναι μία αναμενόμενη εξέλιξη, όπως αναμενόμενη είναι και η επικράτησή του το επόμενο διάστημα. Αλλά είναι ιδιαίτερα σημαντικό ότι σήμερα, πριν ακόμη εντοπιστεί η μετάλλαξη σε εργαστηριακά επιβεβαιωμένο κρούσμα στην πόλη, ερχόμαστε να προσφέρουμε στην Πολιτεία ένα ακόμη πολύτιμο εργαλείο έγκαιρης και αξιόπιστης πρόβλεψης για την επιδημιολογική κατάσταση και πορεία της πανδημίας», δήλωσε στο ΑΠΕ-ΜΠΕ ο πρύτανης του ΑΠΘ και επιστημονικά υπεύθυνος του ερευνητικού έργου, καθηγητής Νίκος Παπαϊωάννου.

«Παγκόσμια πρωτοπορία- στη διάθεση του ΕΟΔΥ για μετρήσεις και σε άλλες πόλεις»

Η μέθοδος ανίχνευσης και ποσοτικοποίησης του στελέχους Όμικρον με χρήση real-time PCR συνιστά παγκόσμια πρωτοπορία, καθώς δεν υπάρχει σήμερα κάτι αντίστοιχο στη διεθνή βιβλιογραφία και γι’ αυτό, όπως γνωστοποίησε ο κ. Παπαϊωάννου, «η ομάδα του ΑΠΘ προχωράει άμεσα σε υποβολή σχετικής προδημοσίευσης σε διεθνές καταθετήριο επιστημονικών εργασιών (medRxiv) και επιπλέον θέτει τη μέθοδο στη διάθεση του Δικτύου Επιδημιολογίας Λυμάτων του ΕΟΔΥ, ώστε να εφαρμοστεί άμεσα και σε άλλες πόλεις στην Ελλάδα».

Η ανίχνευση και ποσοτικοποίηση του στελέχους Όμικρον στα λύματα, όταν ταυτόχρονα υπάρχουν υψηλές συγκεντρώσεις του Δέλτα, δεν είναι εφικτή με τις υπάρχουσες εργαστηριακές μοριακές δοκιμές PCR. «Σήμερα σε όλον τον κόσμο οι μόνες αξιόπιστες προσπάθειες προσδιορισμού του στελέχους Όμικρον αφορούν χρονοβόρες μεθόδους παράλληλης αλληλούχισης εκατομμυρίων νουκλεοτιδίων του ιού μετά από επίπονες διαδικασίες προσυγκέντρωσης των δειγμάτων. Ανταποκρινόμενη στην απαίτηση για έγκαιρη ανίχνευση και ποσοτικοποίηση του στελέχους Όμικρον στα λύματα, η Ομάδα Επιδημιολογίας Λυμάτων του ΑΠΘ κατάφερε μέσα σε μικρό χρονικό διάστημα να αναπτύξει μία νέα μοριακή μέθοδο real-time PCR, που έχει τη δυνατότητα να πολλαπλασιάζει επιλεκτικά το τμήμα του γονιδιώματος που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη ακίδα του στελέχους Όμικρον και όχι του Δέλτα», εξήγησε ο πρύτανης του ΑΠΘ.

Η νέα μέθοδος βασίζεται σε τεχνογνωσία που πρόσφατα δημοσίευσαν σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά υψηλού κύρους μέλη της Ομάδας Επιδημιολογίας Λυμάτων του ΑΠΘ από το Διαγνωστικό Εργαστήριο του Τμήματος Κτηνιατρικής ΑΠΘ και αφορά την ανίχνευση και τυποποίηση του ιού LSDV που προσβάλλει τα βοοειδή, καθώς και των στελεχών Άλφα, Βήτα, Γάμα και Δέλτα του SARS-CoV-2 σε κλινικά δείγματα.

Η μέθοδος χρησιμοποιεί τροποποιημένο LNA ιχνηλάτη και εντοπίζει συνολικά δύο βασικές γενετικές υπογραφές, συγκεκριμένα την περιοχή νουκλεοτιδικών απαλείψεων στις θέσεις S69-70 και τη μετάλλαξη S:T95I, ικανές να χαρακτηρίσουν την παραλλαγή Όμικρον και να τη διαφοροποιήσουν από τα άλλα στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος που κυκλοφορούν στην κοινότητα. Γίνεται έτσι εφικτή η ειδική, ευαίσθητη ανίχνευση και ακριβής ποσοτικοποίηση του ιικού φορτίου του στελέχους Όμικρον στα λύματα, ανεξαρτήτως της ποσότητας του φορτίου του Δέλτα, το οποίο κυριαρχεί ακόμα στην κοινότητα.

Ο άμεσος σχεδιασμός της δοκιμής στα τέλη Νοεμβρίου, όταν πλέον υπήρχε ικανή πληροφορία από τις γενετικές παραλλαγές του στελέχους Όμικρον, επέτρεψε στην Ομάδα Επιδημιολογίας Λυμάτων του ΑΠΘ να προβεί στην έγκαιρη προμήθεια αντιδραστηρίων με αποτέλεσμα από τις 16 Δεκεμβρίου και μετά να ελέγχονται σε πραγματικό χρόνο και χωρίς καθυστερήσεις τα λύματα της Θεσσαλονίκης για την παρουσία του στελέχους Όμικρον.