Ιδιαίτερη σημασία στο θέμα με την Αγια Σοφιά έχει η τοποθέτηση του Ορχάν Παμούκ. Ο επίτιμος διδάκτορας του Πανεπιστημίου Κρήτης (Τμήμα Φιλολογίας) Τούρκος νομπελίστας Ορχάν Παμούκ μιλώντας στο BBC είπε για τη μετατροπή της Αγίας Σοφίας σε τζαμί:
«Το να γίνει ξανά η Αγία Σοφία τζαμί σημαίνει ότι λέμε στον υπόλοιπο κόσμο, δυστυχώς, δεν είμαστε πλέον κοσμικό κράτος».
Και συμπλήρωσε: «Υπάρχουν εκατομμύρια κοσμικοί Τούρκοι σαν και μένα που εξανίστανται ενάντια σ’ αυτό, αλλά οι φωνές τους δεν ακούγονται».

Το Πανεπιστήμιο Κρήτης στο άκουσμα αυτών των δηλώσεων εξέφρασε τις ευχαριστίες του στον «φίλο Ορχάν Παμούκ και εύχεται η Τουρκία να ξαναβρεί σύντομα τον δρόμο της προς την κοσμική δημοκρατία», όπως επισημάνθηκε χαρακτηριστικά μέσα από σχετικη ανακοίνωση.