Οι απώλειες του Δημοσίου από το ΦΠΑ υπολογίζονται σε περίπου 3 δισ. ευρώ το χρόνο, παρά τη βελτίωση που καταγράφεται στο αποκαλούμενο «κενό ΦΠΑ». Έτσι, σύμφωνα με το σχέδιο της ΑΑΔΕ, με την υποβολή εκπρόθεσμης δήλωσης ΦΠΑ θα βεβαιώνονται αυτόματα τα πρόστιμα από το ψηφιακό σύστημα της ΑΑΔΕ και θα κοινοποιούνται ηλεκτρονικά, άμεσα στους φορολογούμενους. Σήμερα η διαδικασία επιβολής προστίμων, γίνεται από τις αρμόδιες Δ.Ο.Υ και σε ορισμένες περιπτώσεις μεσολαβούν ακόμα και μήνες μέχρι την επιβολή τους και την κοινοποίηση στους φορολογούμενους.
Σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις, σε περίπτωση εκπρόθεσμης υποβολής δήλωσης ΦΠΑ ή παρακρατούμενων φόρων επιβάλλονται πρόστιμα 250 ευρώ για τηρούντες απλογραφικά βιβλία και 500 ευρώ για τηρούντες διπλογραφικά βιβλία επιχειρηματίες και ελεύθερους επαγγελματίες. Δεν επιβάλλεται καθόλου πρόστιμο σε περίπτωση εκπρόθεσμης υποβολής τροποποιητικής δήλωσης, εφόσον η σχετική αρχική δήλωση έχει υποβληθεί εμπρόθεσμα ενώ, δεν επιβάλλεται πρόστιμο εφόσον από την αρχική ή τροποποιητική εκπρόθεσμη δήλωση προκύπτει ποσό φόρου προς πληρωμή μέχρι 100 ευρώ.
Σε δεύτερο στάδιο, η ΑΑΔΕ προγραμματίζει και την αυτόματη είσπραξη του ΦΠΑ κάθε φορά που διενεργείται μια συναλλαγή με πλαστικό χρήμα, μέτρο το οποίο προϋποθέτει ωστόσο νέα προσαρμογή των ταμειακών συστημάτων επιχειρήσεων και ελευθέρων επαγγελματιών ώστε κάθε φορά να γίνεται αυτόματος διαχωρισμός των εσόδων που εισπράττονται και πρέπει να αποδοθούν στο Δημόσιο (ΦΠΑ) και αυτών που αποτελούν έσοδο της επιχείρησης ή του ελεύθερου επαγγελματία.
Το Στρατηγικό Σχέδιο 2025-2029 της ΑΑΔΕ προβλέπει ότι ο ΦΠΑ που επιβάλλεται επί των συναλλαγών θα βεβαιώνεται και θα εισπράττεται αυτόματα, κατά τη στιγμή της συναλλαγής. Όταν το μέτρο εφαρμοστεί στην πράξη, ο ΦΠΑ θα αποδίδεται στο Δημόσιο την ώρα της συναλλαγής και δεν θα απαιτείται η απόδοσή του από τον επαγγελματία, με τις μηνιαίες ή τις τριμηνιαίες περιοδικές δηλώσεις ΦΠΑ.