Από τα σημαντικότερα θέματα που αντιμετώπισε η Αντιπεριφέρεια Περιβάλλοντος κατά την τετραετία που πέρασε ήταν η εξέταση των περιβαλλοντικών μελετών σημαντικών μεγάλων έργων του νησιού, όπως η νέα χάραξη του ΒΟΑΚ στο τμήμα Χανιά-Ηράκλειο και το νέο αεροδρόμιο στο Καστέλλι.
Σε συνεργασία με τα στελέχη της Υπηρεσίας, ο Αντιπεριφερειάρχης Περιβάλλοντος Νίκος Ξυλούρης οργάνωσε επί τόπου δράσεις αυτοψιών και ενημερωτικών συναντήσεων με στόχο την σε βάθος διερεύνηση όχι μόνο των περιβαλλοντικών παραμέτρων, αλλά και των κοινωνικών, καθώς και επί της ουσίας του σχεδιασμού των έργων. Οι μελέτες περιβαλλοντικών επιπτώσεων των έργων αναρτήθηκαν για την ενημέρωση κάθε ενδιαφερόμενου πολίτη και τέθηκαν σε δημόσια διαβούλευση και πολλές από τις παρατηρήσεις λήφθηκαν υπόψη στις τελικές προτάσεις της Περιφέρειας Κρήτης προς το Υπουργείο.
Στην περίπτωση της νέας χάραξης του ΒΟΑΚ στο σύνολο του τμήματος Χανιά-Ηράκλειο, πολλές προτάσεις της Περιφέρειας Κρήτης και της Αντιπεριφέρειας Περιβάλλοντος έγιναν δεκτές από το Υπουργείο. Τα βασικά σημεία που η τελική χάραξη τροποποιήθηκε σημαντικά σε σχέση με τον αρχικά προτεινόμενο σχεδιασμό είναι η κατασκευή σήραγγας στην περιοχή του Κακού Όρους (δίδυμη σήραγγα περίπου 600m), η κατασκευή cut&cover και σήραγγας στην περιοχή Γεωργιούπολης, και η κατασκευή cut&cover και γεφυρών σε θέσεις του τμήματος Αμάρι – Σκαλέτα.
Επίσης, σημαντικές βελτιώσεις έγιναν σε θέσεις των κόμβων, ο προς κατάργηση κόμβος στη Φοινικιά κατόπιν της παρέμβασης της Περιφέρειας Κρήτης και προς ανακούφιση της τοπικής κοινωνίας, τελικά διατηρείται. Ακόμα προβλέπεται η κατασκευή νέου κόμβου στη θέση ΠΑΓΝΗ, ενώ βελτιώνονται οι συνδέσεις των Ανισόπεδων Κόμβων Αεροδρομίου, Καρτερού, Μεσσαράς και Παπαναστασίου.
Στην περίπτωση της μελέτης περιβαλλοντικών επιπτώσεων του νέου αεροδρομίου στο Καστέλλι, η Περιφέρεια Κρήτης ανέπεμψε τη μελέτη στο Υπουργείο για δύο κυρίως ζητήματα: τη βελτίωση της αντιπλημμυρικής προστασίας και την κατασκευή σήραγγας στο τμήμα Άγνος – Ξηροκαμάρες στον δρόμο που θα συνδέει το αεροδρόμιο με τον ΒΟΑΚ. Με το δεδομένο ότι τα θέματα αυτά είναι ιδιαίτερα κρίσιμα για την περιβαλλοντική προστασία της περιοχής αλλά και για τη βιωσιμότητα του έργου, η Περιφέρεια Κρήτης προσδοκεί την θετική απάντηση του Υπουργείου.
