H υποχρεωτική ηλεκτρονική τιμολόγηση δεν κρίνεται μόνο από το αν εκδόθηκε ένα τιμολόγιο, αλλά και από το πώς εκδόθηκε, αποφαίνεται εγκύκλιος της Ανεξάρτητης Αρχής Δημοσίων Εσόδων (ΑΑΔΕ), ενημερώνοντας παράλληλα για το πώς διαμορφώνονται τα πρόστιμα.
Όπως αναφέρεται, όταν το τιμολόγιο εκδίδεται εκτός των προβλεπόμενων διαδρομών, δηλαδή όχι μέσω Παρόχου Υπηρεσιών Ηλεκτρονικής Έκδοσης Στοιχείων ή μέσω της εφαρμογής τιμολόγησης της ΑΑΔΕ, η παράβαση θεωρείται μη έκδοση του τιμολογίου και τιμωρείται με πρόστιμο.
Στην πράξη, αυτό σημαίνει ότι η έκδοση με χειρόγραφο τρόπο ή με άλλο τεχνικό μέσο, όπως ένα εμπορικό ή λογιστικό πρόγραμμα που δεν ακολουθεί τους προβλεπόμενους τρόπους, αντιμετωπίζεται σαν να μην εκδόθηκε το παραστατικό. Εξαίρεση προβλέπεται μόνο σε περίπτωση απώλειας διασύνδεσης, όπως διακοπή ηλεκτρικής ενέργειας ή σύνδεσης στο διαδίκτυο, οπότε ενεργοποιούνται οι ειδικοί κανόνες διαβίβασης.
Για πράξεις χωρίς ΦΠΑ, τα πρόστιμα είναι σταθερά και επιβάλλονται ανά φορολογικό έλεγχο. Σε απλογραφικά βιβλία, το ποσό είναι 500 ευρώ ανά έλεγχο, ενώ σε διπλογραφικά 1.000 ευρώ ανά έλεγχο, τόσο για μη έκδοση όσο και για ανακριβή έκδοση ή λήψη στοιχείων.
Για πράξεις με ΦΠΑ, το πρόστιμο γίνεται ποσοστό επί του φόρου που θα προέκυπτε ή επί της διαφοράς και ανεβαίνει όσο υπάρχει υποτροπή, όπως προβλέπεται στον Κώδικα Φορολογικής Διαδικασίας. Στην πρώτη παράβαση, το ποσοστό είναι 50% επί του ΦΠΑ, με ελάχιστο 250 ευρώ για απλογραφικά και 500 ευρώ για διπλογραφικά. Στη δεύτερη παράβαση, το ποσοστό ανεβαίνει στο 100% επί του ΦΠΑ, με ελάχιστο 500 ευρώ και 1.000 ευρώ αντίστοιχα. Από την τρίτη και κάθε επόμενη φορά, το ποσοστό φτάνει στο 200% επί του ΦΠΑ, με ελάχιστο 1.000 ευρώ για απλογραφικά και 2.000 ευρώ για διπλογραφικά.
Παράλληλα, υπάρχει ειδική κατηγορία προστίμου 2.500 ευρώ, ανεξαρτήτως λογιστικού συστήματος, για μη υποβολή ή υποβολή ανακριβών στοιχείων.
